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Kozak序列

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科扎克共有序列, 或Kozak 序列 ,是在真核生物mRNA共有(gcc)gccRccAUGG序列 。它在翻譯過程的啟動中扮演了重要角色。[1],得名自揭示了其重要性的瑪麗蓮·科扎克

序列標識為(gcc)gccRccAUGG, 源自科扎克對大範圍的樣本(共約699種)[2]的歸納和分析,其中:

  1. 小寫字母表示此位置處最常見的鹼基(仍然可以變化);
  2. 大寫字母表示高度保守的鹼基,例如「AUGG」序列是不變的或很少,甚至根本沒有變化,唯一的例外是IUPAC的模糊碼[3]。「R」這表明嘌呤AG)總是在這個位置上(科扎克聲稱A更常見)
  3. 括號內的序列((gcc))重要性不明。

科扎克的研究局限於脊椎動物的一部分(例如人類,牛,貓,狗,雞,豚鼠,倉鼠,小鼠,豬,兔,羊,非洲爪蟾)。

簡介

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這個序列在mRNA分子上被核糖體識別為翻譯起始位點,即蛋白質是由此開始被該mRNA分子編碼的。核糖體需要此序列,或一個可能的可變形式(見下文)來啟動翻譯。Kozak序列不應與核糖體結合位點(RBS)相混淆,後者一般為信使RNA5'端帽內部核糖體進入位點(IRES)。

在體內(In vivo),不同的mRNA上這段區域往往不完全匹配,由一個給定的mRNA合成蛋白質的量取決於Kozak序列的強度。[4] 這個序列中的一些核苷酸比其它的更重要:AUG是最重要的,因為它是實際的起始密碼子,在對應蛋白質的N-末端編碼一個甲硫氨酸。(很少地,CUG被用作起始密碼子,編碼亮氨酸,而不是典型的蛋氨酸作為起始。)「AUG」的A被定為1號位的話,對於一個「強」的Kozak序列,核苷酸在相對於1號核苷酸的4號位(即G所在的位置)和-3號位(即R的位點,沒有號碼0的位置)必須匹配一般的Kozak序列。「適中」強度的Kozak序列只有上述兩個中的一個匹配,而「弱」的兩個都不匹配。在-1和-2的cc並不那麼保守,但有助於提升整體強度。[5]有證據表明, 在-6位的G在翻譯起始中也是重要。 [1]

體內有這些類型的Kozak序列的例子,他們很可能是演變而來的基因調控的又一機制。Lmx1b頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)是「弱」Kozak序列基因的一個例子。[6]從這樣的位點起始的翻譯,mRNA序列需要有額外的特性,以便使核糖體識別起始密碼子。


變異

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研究顯示β-珠蛋白基因(β+45;人類)在-6位G—>C的變異表現打亂血液和生物合成功能的表型。這是首個被發現的人類Kozak序列變異。它在一個意大利東南部的地中海貧血家庭中被發現。[1]

共有序列的可變形式

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(gcc)gccRccAUGG
       AGNNAUGN
        ANNAUGG
        ACCAUGG
     GACACCAUGG
不同真核生物中的類Kozak序列
生物類群 共有序列
脊椎動物
gccRccATGG[2]
果蠅 (Drosophila spp.) 節肢動物門   cAAaATG[7]
釀酒酵母 (Saccharomyces cerevisiae) 子囊菌門 aAaAaAATGTCt[8]
粘菌 (Dictyostelium discoideum) 變形蟲門 aaaAAAATGRna[9]
纖毛蟲 纖毛蟲門 nTaAAAATGRct[9]
瘧原蟲 (Plasmodium spp.) 頂復門 taaAAAATGAan[9]
弓形蟲 (Toxoplasma gondii) 頂復門 gncAaaATGg[10]
Trypanosomatidae 眼蟲門 nnnAnnATGnC[9]
陸生植物
  AACAATGGC[11]

參見

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參考

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 De Angioletti M, Lacerra G, Sabato V, Carestia C. Beta+45 G --> C: a novel silent beta-thalassaemia mutation, the first in the Kozak sequence. Br J Haematol. 2004, 124 (2): 224–31. PMID 14687034. doi:10.1046/j.1365-2141.2003.04754.x. 
  2. ^ 2.0 2.1 Kozak M. An analysis of 5'-noncoding sequences from 699 vertebrate messenger RNAs. Nucleic Acids Res. October 1987, 15 (20): 8125–8148 [2014-02-05]. PMC 306349可免費查閱. PMID 3313277. doi:10.1093/nar/15.20.8125. (原始內容存檔於2019-09-15). 
  3. ^ Nomenclature for Incompletely Specified Bases in Nucleic Acid Sequences頁面存檔備份,存於網際網路檔案館), NC-IUB, 1984.
  4. ^ Kozak M. Point mutations close to the AUG initiator codon affect the efficiency of translation of rat preproinsulin in vivo. Nature. 1984, 308 (5956): 241–246 [2014-02-05]. PMID 6700727. doi:10.1038/308241a0. (原始內容存檔於2017-05-06). 
  5. ^ Kozak M. Point mutations define a sequence flanking the AUG initiator codon that modulates translation by eukaryotic ribosomes. Cell. 1986, 44 (2): 283–92 [2014-02-05]. PMID 3943125. doi:10.1016/0092-8674(86)90762-2. (原始內容存檔於2017-05-06). 
  6. ^ Dunston JA, Hamlington JD, Zaveri J; et al. The human LMX1B gene: transcription unit, promoter, and pathogenic mutations. Genomics. September 2004, 84 (3): 565–76. PMID 15498463. doi:10.1016/j.ygeno.2004.06.002. 
  7. ^ Cavener DR. Comparison of the consensus sequence flanking translational start sites in Drosophila and vertebrates. Nucleic Acids Res. February 1987, 15 (4): 1353–61 [2014-02-05]. PMC 340553可免費查閱. PMID 3822832. doi:10.1093/nar/15.4.1353. (原始內容存檔於2019-09-15). 
  8. ^ Hamilton R, Watanabe CK, de Boer HA. Compilation and comparison of the sequence context around the AUG startcodons in Saccharomyces cerevisiae mRNAs. Nucleic Acids Res. April 1987, 15 (8): 3581–93 [2014-02-05]. PMC 340751可免費查閱. PMID 3554144. doi:10.1093/nar/15.8.3581. (原始內容存檔於2019-09-15). 
  9. ^ 9.0 9.1 9.2 9.3 Yamauchi K. The sequence flanking translational initiation site in protozoa. Nucleic Acids Res. May 1991, 19 (10): 2715–20 [2014-02-05]. PMC 328191可免費查閱. PMID 2041747. doi:10.1093/nar/19.10.2715. (原始內容存檔於2019-09-15). 
  10. ^ Seeber, F. Consensus sequence of translational initiation sites from Toxoplasma gondii genes. Parasitology Research. 1997, 83 (3): 309–311. PMID 9089733. doi:10.1007/s004360050254. 
  11. ^ Lütcke HA, Chow KC, Mickel FS, Moss KA, Kern HF, Scheele GA. Selection of AUG initiation codons differs in plants and animals. EMBO J. January 1987, 6 (1): 43–8. PMC 553354可免費查閱. PMID 3556162.