瓜州寺，位於今西藏自治區山南地區扎囊縣，是一座藏傳佛教寺院。現已無存。
瓜州寺是吐蕃時期興建的重要寺院之一。相傳，727年吐蕃攻佔唐朝屬地瓜州時，創建該寺，以作為紀念，該寺由此而得名「瓜州寺」。[1]
《噶迥寺建寺碑》中稱「祖赤德祖贊（棄隸蹜贊）之世，於札瑪建瓜州寺，於琛浦建神殿等，立三寶之所依處。父王赤松德贊（乞黎蘇籠獵贊）之世，於札瑪建桑耶寺等寺廟，中央及四境遍建神殿，立三寶之所依處。」[1]
