海军奉行为幕末江戸幕府所设置之公职。薪俸5000石。
1865年(庆应元年)所设置之官职。初代为下野黒羽藩大关增裕。翌年为辅佐海军奉行、设立“海军奉行并”一职。海军奉行为军舰奉行之上级、可以领导幕府海军。1866年(庆应2年)常设海军总裁一职、海军奉行为其下级。