亞門(英文:動物的亞門為 subphylum,植物和真菌的亞門為 subdivision[註 1])是生物分類法中的一個次要分類階元,一般位於門和綱之間,但有時亞門和綱之間還會增設下門、總綱等次要階元。
在植物和藻類中,亞門的拉丁學名詞尾為 -phytina,真菌中為 -mycotina,動物的亞門則無固定詞尾。