1998–99年香港甲组足球联赛(英语:Hong Kong First Division Football League),是第 87 届香港甲组足球联赛,本届联赛共有 8 队参赛球队,首循环冠军是愉园,次循环冠军是南华。而总冠军是愉园队,他们第 3 次赢得港甲冠军。